Si tienes un servidor Windows 2008 con este error de inicio puedes realizar el siguiente procedimiento para reparar el fallo asumiendo que no es la partición de inicio la que esta dañada si no mas bien un archivo corrupto o perdido debido a un apagado inapropiado del server.
Lo primero que debes hacer es iniciar desde un DVD o USB Windows 2008 de instalacion, no instales Windows si no que has clic en Repair your computer.
Luego abre una pantalla de DOS y ejecuta el siguiente comando.
Reinicia el servidor, si aun aparece el mensaje vuelve a cargar una pantalla de DOS desde el disco de instalacion de Windows 2008 como lo hiciste anteriormente y ejecuta el siguiente comando.
Sigue los pasos y una vez reparado reinicia el servidor.