Si al configurar Conky con Conky Manager te aparece en una pantalla separada con los típicos botones de cerrar, minimizar, maximizar y barra de titulo, puedes eliminarlos modificando el archivo de configuración buscando la siguiente linea.
own_window_type normal
Y hay que cambiarla por.
own_window_type desktop
Luego salvar y veras como se eliminan esta barra de titulo y lo botones.