Las bases de datos internas windows son usadas por servicios como WSUS, Active Directory, Active Directory Federetion Services, Active Directory Rights Management Services y Windows System Resource Manager.
Si necesitas conectarte a una de estas bases de datos puedes hacer a través de SQL Management Studio, solo que en el cuadro de conexión donde dice Server Name debes colocar la siguiente linea dependiendo de la version de Windos Server.
Para Servidores Windows 2008 R2 y Windows 2008.
\\.\pipe\MSSQL$MICROSOFT##SSEE\sql\queryPara Windows 2012, Windows 2012 R2 y Windows 2016.
\\.\pipe\MICROSOFT##WID\tsql\query