Si quieres agregar de forma manual una aplicación en el dock de Ubuntu sigue los siguientes pasos, para este caso estoy tomando de ejemplo agregar la aplicación de Android Studio al dock.
Lo primero que hay que hacer es crear un archivo .desktop, desde una pantalla de terminal ejecuta el siguiente comando
$ nano Android-Studio.desktopAgregale el siguiente contenido, en tu caso cambia el nombre de la aplicación si fuese otra y la ruta donde esta el ejecutable y el icono.
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
Exec=/home/omeza/android-studio/bin/studio.sh
Name=Android Studio
Comment=Android Studio
Icon=/home/omeza/android-studio/bin/studio.png
Graba y dale permisos de ejecucion
$ chmod a+x Android-Studio.desktopAbre el administrador de archivos de Ubuntu y desde ahí haz doble clic sobre el archivo que acabas de crear te dirá que es una aplicación no confiable, haz clic en el boton «Trust and Lucnch».
Una vez hecho esto, puedes cerrar la aplicación, para agregarla al dock mueve el ejecutable a la carpeta ~/.local/share/applications con el siguiente comando.
$ mv Android-Studio.desktop ~/.local/share/applications/.Hecho esto haz clic en «Show Applications» del dock y veras la aplicación, para agregarla al dock basta con hacer clic derecho sobre ella y hacer clic en «Add to favorites».
