Me esta pasando que ciertos servidores no aparecen reportados en la consola WSUS aunque si puedo descargar las actualizaciones.
En mi caso encontré que la causa era que algunos equipos tenían un ID de WSUS duplicado, probablemente porque el antiguo administrador de servidores clonaba algunos de estos servers para crear nuevos.
Lo solucione creando el siguiente script que corrí como administrador en los equipos afectado.
REM BATCH FILE BEGIN
@echo off
Echo This batch file will do the following:
Echo 1. Stops the wuauserv service
Echo 2. Deletes the AccountDomainSid registry key (if it exists)
Echo 3. Deletes the PingID registry key (if it exists)
Echo 4. Deletes the SusClientId registry key (if it exists)
Echo 5. Restarts the wuauserv service
Echo 6. Resets the Authorization Cookie
@echo on
net stop wuauserv
REG DELETE "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate" /v AccountDomainSid /f
REG DELETE "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate" /v PingID /f
REG DELETE "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate" /v SusClientId /f
net start wuauserv
wuauclt /resetauthorization /detectnow
Pause
REM BATCH FILE END
Si esto no te funciona a ti hay mas soluciones en donde encontré el script arriba mencionado.